گسترش روزافزون نقش علم و فناوری در توسعه اقتصادی ضرورت سیاست گذاری و برنامه ریزی برای نظام علم و فناوری را دوچندان کرده است. در کنار رویکردهای برنامه ریزی متمرکز بالا به پایین برای سیاست گذاری علم و فناوری، رویکرد آمایشی تلاش می کند با حرکت از پایین به بالا، با شناخت ظرفیت ها و پتانسیل های منطقه ای، الگویی درون زا و متوازن را برای توسعه علم و فناوری ارائه دهد. اگرچه رویکرد آمایشی به صورت کلی بیش از چند دهه در مباحث برنامه ریزی سابقه دارد، بهینه کردن این رویکرد در حکمرانی علم و فناوری نیازمند نوآوری های روش شناختی است. هدف از این پژوهش ارائه روش شناسی آمایش علم و فناوری با بهره گیری از نگاشت نهادی است. این نوشتار از دو برش متقاطع استفاده می کند. از یک سو نوآوری را در نظام منطقه ای می بیند و از دیگر سو با نگاشت نهادی روشی را برای تحلیل و تخمین آن ارائه می دهد. در این روش، ابتدا نهادهای نظام علم و فناوری شامل نهاد علم، نهاد فناوری، نهاد بازار شناسایی می شوند و سپس با بهره گیری از مفهوم مجاورت نهادی ظرفیت ارتباط گیری این نهادهای سه گانه و زیرمجموعه های آن ها با یک دیگر ارزیابی می شوند. این کار از طریق استخراج گراف مشابهت انجام می شود. گراف مشابهت، که از کمّی سازی روابط دودویی زیرنهادهای نظام علم و فناوری به دست می آید، بیانگر تنوع و شدت ارتباطات هر نهاد با سایر نهادهاست. هر چه تنوع و شدت ارتباطات میان نهادها در مجموع بیشتر باشد بیانگر وضعیت بهینه تر نظام علم و فناوری است. در نهایت، سیاست گذار با مشاهده این گراف می تواند برای هر یک از نهادها سناریوی حرکت به سمت وضع بهینه، یعنی توازن منطقه ای، را طراحی کند تا در افق های زمانی مشخص مجاورت نهادی افزایش یابد و هماهنگی و همراهی نهادها تقویت شود.